我尝试使用气泡图示例作为模板来构建可视化。我的 JSON 是扁平层次结构，其中有一个名为 children 的元素，其中包含我想要可视化的对象数组。

JSON 如下所示：

{
  "children":[
    {
      "acc":"Q15019",
      "uid":"SEPT2_HUMAN",
      "sym":"SEPT2",
      "name":"Septin-2",
      "alt_ids":"",
      "ratio":0.5494271087884398,
      "pval":0.990804718
    },
    ...,
    {
      "acc":"Q16181",
      "uid":"SEPT7_HUMAN",
      "sym":"SEPT7",
      "name":"Septin-7",
      "alt_ids":"",
      "ratio":1.1949912048567823,
      "pval":0.511011887
    }
  ]
}

我已将示例代码修改如下：

var diameter = 960,
    format = d3.format(",d"),
    color = d3.scale.quantile().range(colorbrewer.RdBu[9]);

var bubble = d3.layout.pack()
    .sort(null)
    .size([diameter, diameter])
    .padding(1.5);

var svg = d3.select("body").append("svg")
    .attr("width", diameter)
    .attr("height", diameter)
    .attr("class", "bubble");

d3.json("datagraph.json", function(datagraph) {
  var node = svg.selectAll(".node")
      .data(bubble.nodes(datagraph))
    .enter().append("g")
      .attr("class", "node")
      .attr("id", function(d) { return d.acc; })
      .attr("transform", function(d) { return "translate(" + d.x + "," + d.y + ")"; });

  //node.append("title").text(function(d) { return d.className + ": " + format(d.value); });

  node.append("circle")
      .attr("r", function(d) { return 30; })
      .style("fill", function(d) { 
        if(d.ratio == null)
          return "#ffffff";
        else
          return color(d.ratio); 
      });

  node.append("text")
      .attr("dy", ".3em")
      .style("text-anchor", "middle")
      .text(function(d) { return d.acc; });
});

生成的 HTML 有大量 <g> 标签，它们响应每个元素，但它们从未转换到正确的位置，而是在左上角相互叠放。通过调查 Firebug，我发现这种情况发生的原因可能是 pack() 算法不是一次获取一个对象，而是将整个数组作为单个元素，因此各个元素不会获得 .x 和 .y 值。

如果我将 .nodes() 参数更改为 datagraph.children ，我会在 nodes() 迭代中一次获取一个元素，但奇怪的是，我得到了一个 <g> 对象。由于我不需要展平层次结构，因此我在示例中跳过了 classes(root) 函数。我想知道的是 packageName 属性是否在 nodes() 中发挥任何作用？

我该如何解决这个问题？