至少有 3 种方法：

1. 使用 userscript 沙盒 。可惜的是，由于 Tampermonkey 和 Violentmonkey 的设计缺陷/错误，该方法目前仅适用于 Greasemonkey（包括版本 4+）。详情见下文。
2. 使用 @run-at document-start 。不过，该方法在快速页面上也不起作用。
3. 删除函数覆盖 。该方法通常有效，但容易受到目标页面的更多干扰。如果页面更改了函数的 原型 ，则可以阻止它。

另请参阅 停止执行 Javascript 函数（客户端）或对其进行调整

请注意，下面的所有脚本和扩展示例都是 完整的工作代码 。
您可以通过更改以下内容针对 此 JS Bin 页面 对它们进行测试：
*://YOUR_SERVER.COM/YOUR_PATH/*
至：
https://output.jsbin.com/kobegen*

用户脚本沙盒：

这是首选方法，适用于 Firefox+Greasemonkey（包括 Greasemonkey 4）。

当将 @grant 设置为非 none 时，脚本引擎 应该 在浏览器专门为此目的提供的沙盒中运行脚本。

在适当的沙盒中，目标页面可以覆盖 document.querySelectorAll 或其他本机函数，而 无论如何，用户脚本都会看到自己的完全未受影响的实例 。

这 应该 始终有效：

// ==UserScript==
// @name     _Unoverride built in functions
// @match    *://YOUR_SERVER.COM/YOUR_PATH/*
// @grant    GM_addStyle
// @grant    GM.getValue
// ==/UserScript==
//- The @grant directives are needed to restore the proper sandbox.

console.log ("document.querySelectorAll: ", document.querySelectorAll);

并产生：

document.querySelectorAll: function querySelectorAll() { [native code] }

但是， Tampermonkey 和 Violentmonkey 都没有正确沙盒化 ，无论是在 Chrome 还是 Firefox 中。
即使打开了 Tampermonkey 或 Violentmonkey 版本的沙盒，目标页面也可以篡改 Tampermonkey 脚本看到的本机函数。
这不仅仅是一个设计缺陷，它还是 安全缺陷 和潜在漏洞的载体。

我们知道 Firefox 和 Chrome 并不是罪魁祸首是因为 (1) Greasemonkey-4 正确设置了沙盒，并且 (2) Chrome 扩展程序正确设置了“Isolated World”。也就是说，这个扩展程序：

ma​​nifest.json：

{
    "manifest_version": 2,
    "content_scripts": [ {
        "js":               [ "Unoverride.js" ],
        "matches":          [ "*://YOUR_SERVER.COM/YOUR_PATH/*" ]
    } ],
    "description":  "Unbuggers native function",
    "name":         "Native function restore slash use",
    "version":      "1"
}

Unoverride.js：

console.log ("document.querySelectorAll: ", document.querySelectorAll);

结果：

document.querySelectorAll: function querySelectorAll() { [native code] }

应该如此。

使用 @run-at document-start ：

从理论上讲，在 document-start 处运行脚本应该允许脚本在本机函数被更改之前捕获它。
例如：

// ==UserScript==
// @name     _Unoverride built in functions
// @match    *://YOUR_SERVER.COM/YOUR_PATH/*
// @grant    none
// @run-at   document-start
// ==/UserScript==

console.log ("document.querySelectorAll: ", document.querySelectorAll);

这有时在页面和/或网络速度足够慢的情况下有效。

但是，正如 OP 已经指出的那样， Tampermonkey 和 Violentmonkey 实际上都没有在任何其他页面代码之前注入和运行 ，因此此方法在快速页面上会失败。

请注意，在清单中使用 "run_at": "document_start" 设置的 Chrome 扩展程序内容脚本 确实 在正确的时间和/或足够快地运行。

删除函数覆盖：

如果页面（轻微）覆盖了 document.querySelectorAll 之类的函数，则可以使用 delete 清除覆盖，如下所示：

// ==UserScript==
// @name     _Unoverride built in functions
// @match    *://YOUR_SERVER.COM/YOUR_PATH/*
// @grant    none
// ==/UserScript==

delete document.querySelectorAll;

console.log ("document.querySelectorAll: ", document.querySelectorAll);

结果为：

document.querySelectorAll: function querySelectorAll() { [native code] }

缺点是：

1. 如果页面更改了原型，则不起作用。例如：
   Document.prototype.querySelectorAll = null;
2. 页面可以看到或重新进行此类更改，特别是如果您的脚本 触发得太早。

通过制作私人副本来缓解第 2 项：

// ==UserScript==
// @name     _Unoverride built in functions
// @match    *://YOUR_SERVER.COM/YOUR_PATH/*
// @grant    none
// ==/UserScript==

var foobarFunc = document.querySelectorAll;

delete document.querySelectorAll;

var _goodfunc = document.querySelectorAll;
var goodfunc  = function (params) {return _goodfunc.call (document, params); };

console.log (`goodfunc ("body"): `, goodfunc("body") );

结果为：

goodfunc ("body"): NodeList 1 0: body, length: 1,...

即使页面干扰了 document.querySelectorAll ， goodfunc() 仍将继续工作（对于您的脚本）。

Tampermonkey中的其他解决方案是通过iframe恢复原始 - 假设该站点的 csp 允许它，通常这样做。 P.S.如果页面不透彻，则可以通过原型访问原型，而无需iframe技巧：